قندهار را به تصرف خود در آورد . زمان شاه در پنجاب كارى از پيش نبرد و به زودى به قندهار برگشت و در نبردى كه ميان او و همايون رخ داد ، همايون به اسارت زمان شاه در آمد و به دستور او چشمانش را ميل كشيدند . زمان شاه در 1794 م ، براى تصرف دوبارهء سرزمينهاى سند و پنجاب به سوى سند حركت كرد ؛ هنوز جنگى در نگرفته بود كه اطلاع يافت شاهزاده محمود برادر ناتنى ديگرش ، به هميارى عطا محمّد خان عليزايى به سوى قندهار لشكر كشيده است . زمان شاه با فتحعلى تالپور به شرط پرداخت سيصد هزار روپيه صلح كرد و از پنجاب به سرعت به افغانستان برگشت و پيش از آنكه محمود به قندهار برسد او را در بين گرشك و زمينداور شكست داد و تا فراه دنبال كرد . شاهزاده محمود به هرات عقب نشست . شاه زمان هرات را به محاصره كشيد ؛ محمود كه راه چاره‌اى مىجست ، دست به حيله زد و مادرش را با توبه‌نامه‌اى به دربار زمان شاه فرستاد . زمان شاه ، محمود را بخشيد و دوباره به حكمرانى هرات گماشت و به كابل برگشت . هنگامى كه زمان شاه به كابل رسيد ، فرستادهء شاه مراد نزد او آمد و از اينكه قبلا به بلخ تجاوز كرده بود معذرت خواست و بار ديگر رود آمو به عنوان مرز ميان دو كشور پذيرفته شد . در سال 1210 ه . / 1795 م ، زمان شاه از درياى سند گذشت و قواى سيك را در حسن ابدال سركوب كرد ، از آنجا با سى هزار سپاه متوجه « قلعه رهتاس » شد ، سيكهان توان مقاومت نياوردند و لهناسنگهه حاكم لاهور ، شهر را تسليم كرد . شاه زمان هنگامى كه عازم شاه جهان آباد بود ، اطلاع يافت كه شاهزاده محمود دوباره پرچم مخالفت را برافراشته است ، بناچار به سوى كابل برگشت ؛ در نبردى كه ميان دو طرف رخ داد ، محمود شكست خورد و به ايران پناه برد . زمان شاه ، حكومت هرات را به پسر خود « قيصر » سپرد و پس از آن به سوى كابل حركت كرد و قصد داشت به يارى مسلمانان هند بشتابد ، امّا هنوز به هند نرفته بود كه شاهزاده محمود با ده هزار تن سپاه از راه يزد و فراه به هرات يورش آورد ، ولى از سوى قيصر حاكم هرات و نايب او زمان خان سركوب شد و اين بار ، محمود به بخارا فرار كرد . زمان شاه از كابل به هرات برگشت و توسط نامه‌اى از امير بخارا خواست تا محمود را از سرزمين خود اخراج كند ؛ امير بخارا